La sesión de clasificación de Sepang comenzó de la mejor manera posible con una Q1 realmente divertida y entretenida en la que Danilo Petrucci, Joan Mir, Cal Crutchlow y Aleix Espargaro entablaron una buena batalla para obtener los dos lugares para clasificarse para la Q2. En la primera parte de la sesión, parece que Mir y Petrucci habrían sido los pilotos a superar, pero en la segunda carrera todos mejoraron su tiempo de vuelta dando muchas sorpresas en la línea.

Fue un loco último minuto que decidió el top 2 de la Q1, con Joan Mir, quien tuvo el primer tiro saltando encima, pero Danilo Petrucci le arrebató el liderato para asegurarse una posición en la Q2. De todos modos, los juegos aún no se habían terminado porque Cal Crutchlow, con un sorprendente último intento rápido, fue capaz de sorprender a todos subiendo después de la bandera a cuadros, mientras que Aleix Espargaró fue realmente rápido, pero perdió la segunda posición no muy lejos de ese momento.

Incluso la Q2 no nos decepcionó con una fantástica primera tanda donde los muchachos de MotoGP intercambiaron mucho su posición; Al principio, fue Fabio Quartararo quien tuvo el mejor tiempo y parecía inalcanzable, pero Franco Morbidelli estaba muy cerca de él con ambos corriendo por debajo de 1.59, pero luego llegó Maverick Vinales con un impresionante 1.58.676 para arrebatar la pole position temporal para un trío de Yamaha en la primera fila corriendo con neumático trasero medio.

La sesión aún no había terminado, con Marc Márquez, que intentó todo lo posible para clasificarse en una buena posición, permaneciendo detrás de Fabio Quartararo durante toda la sesión, literalmente marcándolo hasta el final, intentando un juego mental con el novato francés, pero terminó chocando con un enorme Highside entre la curva 1 y la curva 2. Eso significó espacio libre para Fabio Quartararo, quien aún abortando su primera vuelta rápida pero lograba obtener una fantástica pole position por delante de Maverick Vinales, quien parecía tener esa pole hasta que Quartararo hizo su regazo.

Franco Morbidelli consiguió una pole position temporal, pero tuvo que darse por vencido, pero aún así alcanzó una buena tercera posición, terminando la primera fila siendo solo una décima de segundo más lento. Jack Miller es el primer Ducati en la parrilla en el 4to lugar por delante de Cal Cruchlow y Valentino Rossi, el primer piloto sobre el 1.59 con solo 1.59.000. Alex Rins se clasificó en el séptimo lugar, seguido por Danilo Petrucci y un buen Johann Zarco, mientras que Andrea Dovizioso terminó 10º por delante de Marc Márquez y Francesco Bagnaia, quienes perdieron la confianza y un poco de tiempo en la caída del FP4 destruyendo su moto principal.